战后初期，回国的卢嘉锡发现他面临的困难比他想象的艰苦得多。几经战乱后，厦门大学的科研仪器、图书资料、实验室均损毁严重。但作为一个抱定“科学救国”信念的知识分子，卢嘉锡将全部精力投入到物理化学教学之中，所讲授的物理化学、量子化学、热力学、高等物理化学等10多门课程也多是当时国内新开设课程，且内容深奥尖端。可听卢嘉锡的讲课特别轻松，他能化抽象为形象、化艰深为平易，甚至吸引外系学生前来旁听。不仅如此，他无偿将回国所携带的许多专业书籍都交给学生管理，供师生阅览。他常说：“一个老师若培养不出几个超过自己的学生，这个老师就没有尽到职责。”

建所初期，卢嘉锡在给物构所科研人员上课

正是由于他的倾囊相授，他培育出的青年学者多数都已成为科研骨干或成为蜚声国际的物理化学领域专家，其中包括田昭武、张乾二、梁敬魁等院士。