在国家面临两种前途、两种命运决战的历史关头，在中国共产党的影响下卢嘉锡积极参与了爱国民主运动，在斗争实践中逐渐看清了国民党反动派的本质，逐渐认识到共产党是爱国进步力量的代表。

国民党在撤离大陆前夕，派人软硬兼施，要他去台湾，并送来船票。卢嘉锡设法回绝了。他偷偷对朋友说：“台湾，我是不会去的，我不相信共产党来了我就没有饭吃！”

1949年2月3日，卢嘉锡从厦门致信鲍林教授，大胆地喊出“国民党的统治已接近最后的日子了”，并表示“我们大家唯一的期望就是黎明早些到来”

解放后，卢嘉锡亲身体会了祖国欣欣向荣的新气象，深深感到：“共产党爱人民”“共产党了解我”，在新旧社会的强烈对比中坚定了跟共产党走的强大信念，并于1956年光荣加入中国共产党。

1956年6月30日，中共厦门大学化学系教工支部举行支部大会，讨论通过了卢嘉锡的入党申请。第二天《厦门日报》刊登了一条消息：“科学家卢嘉锡光荣入党”。